In der Umgebung des ehemaligen Häftlingslagers existieren zwei größere Gräberfelder: am Nordhang des Ettersberges (Gräberfeld I) und in der Nähe des ehemaligen Bahnhofs (Gräberfeld II). Zu Beginn der 1990er Jahre wurde angenommen, dass auch in der „Schlucht von Hottelstedt“ Speziallager-Insassen beigesetzt wurden, was sich jedoch nicht bestätigte.
Am Fundort der anonymen Gräber nördlich des Lagergeländes errichtete die Gedenkstätte am 4. Februar 1990 ein einfaches Holzkreuz.
Bald stellten Angehörige weitere Grabzeichen auf. Die Gedenkstätte ließ das Gelände archäologisch mit Infrarottechnik untersuchen, um die Standorte der Sammelgräber festzustellen. Von einer Exhumierung sah man aus Pietätsgründen ab.
1995/96 wurde jedes der 850 identifizierten Sammelgräber im Gräberfeld I mit einer Stahlstele markiert. In einem weiteren Gräberfeld östlich des ehemaligen Lagergeländes wurden 250 Grablagen lokalisiert und ebenfalls mit Stelen gekennzeichnet.
1997 eröffnete die Gedenkstätte gegenüber dem Gräberfeld I die Dauerausstellung zur Geschichte des Speziallagers Nr. 2 in einem neu errichteten Ausstellungsgebäude. Der mit Stelen kenntlich gemachte Waldfriedhof ist aus der historischen Ausstellung heraus sichtbar: Die Außenwand wird in der Mitte durch ein schmales Fenster unterbrochen. Davor liegt das Totenbuch mit den Namen der im Speziallager Verstorbenen aus. Ausstellung und Waldfriedhof bilden so eine räumliche und gedankliche Einheit. 2002 wurde die Anlage um einen Trauerplatz erweitert.